Il pilastro 3 Qualità ambientale (coordinato da Slovenia e Bosnia Erzegovina) si focalizza sulla qualità ambientale degli ecosistemi marini, costieri e terrestri della Regione e affronta la qualità ambientale dal punto di vista degli ecosistemi marini, costieri e terrestri. 

Il pilastro ha l'obiettivo di: 

• assicurare il buono stato ecologico dell’ambiente marino e costiero entro il 2020, in linea con l’Acquis EU e con l’approccio eco-sistemico della Convenzione di Barcellona; 
• contribuire all’obiettivo della Strategia europea per la biodiversità per arrestare la perdita di biodiversità e dei servizi eco-sistemici entro il 2020; 
• migliorare la gestione dei rifiuti, riducendo il flusso di rifiuti in mare ed il flusso di altri nutrienti e sostanze inquinanti nei fiumi e nel mare. 

Per la realizzazione di questi obiettivi, il Piano di azione Eusair ha previsto di soffermarsi su due topic: 

• Topic 1: Ambiente Marino; 
• Topic 2: Habitat transnazionali terrestri e biodiversità.